開展指南:
FISH檢測平臺
在您開展FISH檢測平臺之前應考慮什么
介紹
FISH(Fluorescence in situhybridization)即熒光原位雜交,通過熒光素標記的DNA探針,與細胞核中的靶序列雜交,從而反映染色體或基因的狀態信息。
克隆性染色體異常是腫瘤或遺傳疾病的特征,它包括染色體數目或結構異常,FISH可以檢測出染色體或基因數目或結構異常。
目前FISH廣泛應用于病理科、血液科、產前診斷中心等。
作為FISH負責人:您需要關注這些內容
■開展條件:需要具備哪些條件,準備哪些儀器與設備?■確定應用:利用這些平臺,我們能夠做什么?■流程質控:檢測流程與質控環節我們要注意什么?
根據2016年《分子病理診斷實驗室建設指南(試行)》要求,三級甲等醫院病理科應設置分子病理診斷實驗室,符合條件的其他醫院也可設置。
人员 | 要球 |
技术员 | 具备病理学、分子生物学的基本知识,大专以上学历,并进行过相关专业技术技能培训或进修学习,获得相应的上岗资格证书 |
授权签字人 | 取得临床病理学和/或遗传学《执业医师资格证书》、具有中级或以上专业技术职称、从事本专业本单位在职医师或技术人员 |
实验室负责人 | 具有临床医学和病理专业背景、具有分子生物学相关工作经历、具有副主任医师以上专业技术职称、从事本专业本单位在职医师 |
场地 | 功能、要求及主要设备 |
实验区 | 用于标本预处理、消化、变性杂交、洗涤和封片等。使用荧光标记探针的检测应保证可以避光操作。 包括电磁炉,水浴锅,离心机,pH计;杂交仪,冰箱(-20~4°C)。 |
图像采集与分析区 | 用于阅片、图像采集、分析和出具报告等。使用荧光标记探针的检测应保证可以避光操作。 荧光显微镜,电脑及图像采集分析软件。 |

3、項目準入
3.1開展項目:應為“全國醫療服務價格項目規范”中列入的項目,以及經當地權威機構技術準入評估后開展的項目。
3.2工作量要求:應有一定工作量,至少開展1項分子病理檢測項目,每年檢測量不少于100例。
4、質量控制
4.1檢測能力和檢測體系評估:在正式開展新項目之前,必須對實驗室的檢測能力和檢測體系(儀器、試劑、耗材)進行評估,應選擇 _{\perp~2} 家已開展且已獲得資質的實驗室進行比對驗證,其一致性應在 95% 以上。建立標準操作程序,有完整的檢測記錄和技術檔案。
4.2病理評估:任何病變組織或細胞在檢測前,均要求有病理醫師進一步明確病變組織是否與病理診斷一致,并評價標本有無出血、壞死和不利于核酸檢測的前處理(例如含HCL的脫鈣液處理),避免由于標本處理方法的不當而出現假陰性結果,評估標本中病變細胞(如腫瘤細胞)的總量和比例是否達到檢測要求。
4.3室內質評和室間質評:定期開展實驗室內部質量控制,做好相應記錄,及時解決出現的問題。參加外部質量控制活動,每年應進行 \scriptstyle1~2 次,外部質控陽性和陰性結果的一致性應達到90%以上。
4.4設備強檢:應對分析設備如加樣系統、檢測系統和溫控系統進行校準。應定期對PCR儀、加樣器、溫度計和恒溫設備進行校準并有校準記錄和報告。部分設備根據檢測目的和要求,可按制造商校準程序進行,如生物安全柜、切片機、顯微鏡等。
5、試劑管理
5.2試劑和消耗品的使用和記錄:應在有效期內使用,并有試劑和耗材檢查、接收或拒收、貯存和使用的記錄。商品化試劑使用記錄還應包括使用效期和啟用日期。
5.3試劑和消耗品應有庫存控制系統:庫存控制系統應當包括所有相關試劑、控制物質和校準品的批號記錄,實驗室接收日期及投入使用日期記錄。
5.4試劑和消耗品的質量評價:實驗室應對影響檢測質量的關鍵試劑、消耗品及服務的供應商進行評價;保存評價記錄并列出核準使用的名錄。
6、報告格式
分子病理診斷報告應有完善的報告格式和內容。應包括患者基本信息、標本信息(部位、類型、固定時間和固定方法等)、使用方法、主要試劑來源、對照設置情況、病理評估情況、檢測結果、結論及必要的解釋。
7、濾塊選擇
不同廠家使用的熒光素會有差異,在選擇熒光顯微鏡濾光鏡參數時,建議與試劑供應商聯系,獲取適配的濾光鏡參數。安必平FISH檢測試劑推薦參數如下:
荧光通道 | 滤块颜色 | 激发(nm) | 发射(nm) | 推荐镜片供应商 | |
DAPI(蓝色) | 360-370 | 420-460 | omega | chroma | |
AQUA(青色) | 400-440 | 470-500 | |||
GREEN(绿色) | 460-496 | 510-550 | |||
ORANGE(橘色) | 530-550 | 575-625 | |||
红绿双通 | EX450-480553-588 | EM500-543 602-665 |
8、樣本類型
組織樣本(FFPE):分為手術切除組織和穿刺樣本細胞樣本:有外周血、骨髓、沖洗液、尿液、羊水和絨毛
確定應用
FISH檢測平臺作為一種基于形態基礎的分子檢測手段,現在已經廣泛應用于腫瘤或遺傳疾病,主要體現在以下幾個方面:
指導用藥
隨著腫瘤治療的發展,越來越多的靶向藥物開始應用于腫瘤的治療,很多靶向藥物在使用之前都必須進行分子檢測來明確是否適合靶向治療。
企业 | 罗氏制药 | 诺华制药 | 辉瑞 | 拜尔 |
靶向药 | Herceptin | Gleevec | Xalkori | Vitrakvi |
基客汀 禁赛汀 | 甲磺酸伊马替尼片 格列卫0.1克 | 赛可端”XALKOP 克唑替尼胶囊 200mg 068 | ||
适应症 | 乳腺癌、胃癌 | 慢粒 | 非小细胞肺癌 | 泛癌肿 |
检测靶点 | HER2 | BCR/ABL | ALK/ROS1 | NTRK1/2/3 |
检测方法 | IHC、FISH | 核型、FISH、PCR | IHC、FISH、PCR、NGS | IHC、FISH、NGS |
国内上市 | 已上市 | 已上市 | 已上市 | 已上市 |
是否一线 | 乳腺癌(一线) 胃癌(非一线) | 慢性髓系白血病(一线) | ALK阳性肺癌(一线) | 结直肠癌(二线) NTRK融合阳性非小 细胞肺癌(一线) |
罗氏 | 礼来 | 阿斯利康 | 信达 | |
靶向药 | Rozlytrek | Selpercatinib | Savolitinib | Pemigatinib |
适应症 | 赛沃替尼片 | 达伯坦“PEMAZYRE4.5mg 佩米替尼片 14片 inovent | ||
检测靶点 | 泛癌肿 NTRK1/2/3、ROS1 | 泛癌肿 | 肺癌 | 胆管癌 |
检测方法 | RET | MET | FGFR2 | |
IHC、FISH、NGS | FISH、NGS | IHC、FISH、PCR、NGS | FISH、NGS | |
国内上市 | 已上市 | 已上市 | 已上市 | 已上市 |
是否一线 | ROS1融合阳性非小 细胞肺癌(一线) | RET基因融合阳性晚期非小 细胞肺癌(一线) | EGFR突变非小细胞肺癌 (一线) | 伴FGFR重排的胆管癌 (二线) |
分子診斷
人們發現一些具有特殊的分子改變機制的腫瘤雖然在形態上與沒有這種分子改變的腫瘤比較相似,但是其治療或預后卻有很大差別,因此作為一個特殊分類進行命名。如MIT家族腎癌,其特征性分子改變是TFE3或TFEB基因重排,伴1p19q改變腦膠質瘤。
NCCN | National Comprehensive Cancer Network? | NCCNGuidelinesVersion2.2018 NCCNGuidelinesIndex TableofContents CentralNervousSystemCancers Discussion |
PRINCIPLESOFBRAINTUMORPATHOLOGYMOLECULARMARKERS | ||
Thefollowingmolecularmarkersareoftenusedbyneuropathologiststofacilitatecharacterizationofgliomasand/orby neuro-oncologiststoguidetreatmentdecisions: Codeletionof1pand19g Recommendation:1p19qtestingisanessentialpartofmoleculardiagnosticsforoligodendroglioma. accompanyingIDHmutation,regardlessoftestresults. andoligodendrogliomaswithmoleculartesting.16 17,18 | ||
·Description:Thiscodeletionrepresentsanunbalancedtranslocation(1;19)(q10;p10),leadingtowhole-armdeletionof1pand19q.13 ·Detection:Thecodeletionof1pand19qisdetectablebyfluorescenceinsituhybridization(FiSH)orpolymerasechainreaction(PCR). ·Diagnosticvalue:Itisstronglyassociatedwitholigodendroglialhistologyandhelpsconfirmtheoligodendroglialcharacterof tumorswith equivocalormixedhistologicfeatures.14 IDH-mutatedgliomasthatdoNOTshowlossofATRX(forexample,byIHC)shouldbestronglyconsideredfor1p19qtesting,evenifnot ·Prognosticvalue:Thecodeletionconfersafavorableprognosisandispredictiveofresponsetoalkylatingchemotherapyandcombination |
預后管理
在淋巴造血系統的腫瘤,分子改變復雜,不同的分子改變往往提示不同的危險分度或預后,因此需要借助分子檢測結果幫助臨床醫生進行預后管理。

輔助診斷
在軟組織腫瘤或其他一些特殊腫瘤中,病理醫生進行診斷時,會遇到形態相似,蛋白表達不特異,從而很難明確診斷,這個時候借助一些特征性的分子檢測結果來幫助醫生做出準確的診斷。
yatmoprehensive Network? lancerLe
NCCN
NCCN GuidelinesVersion2.2019 SoftTissueSarcoma
PRINCIPLESOFANCILLARYTECHNIQUESUSEFULINTHEDIAGNOSISOFSARCOMAS
Morphologicdiagnosisbasedonmicroscopicexaminationof histologicsectionsremainsthegoldstandardforsarcomadiagnosis.However, severalancillarytechniquesareuefulinsuportfmorphologicdiagnosisncludingc,classicalcytogenetics,lectronmicroscopyand moleculargenetictesting.Moleculargenetictestinghasemergedasaparticularlypowerfulancillarytestingapproachsincemanysarcoma typesharborcharacteristicgeneticaberrationsincludingsinglebasepairsubstitutionsdeletionsandampliicationsandtranslocations. Mostmoleculartestingutilizesfluorescenceinsituhybridization(FISH)approachesorpolymerasechainreaction(PCR)-basedmethodsand next-generationsequencing(NGS)-basedmethods.1Recurrentgeneticaberrationsinsarcoma2arelistedbelow:
TUMOR | ABERRATION | GENE(S)INVOLVED |
MalignantRoundCellTumors | ||
AlveolarRMS | t(2;13)(q35;q14) | PAX3-FOX01 |
t(1;13)(p36;q14) | PAX7-F0X01 | |
Desmoplasticsmallroundcelltumor | t(X;2)(q13;q35) | PAX3-AFX |
t(11;22)(p13;q12) | EWSR1-WT1 | |
EmbryonalRMS | Complexalterations | Multiple, |
Ewingsarcoma/peripheral | MYOD1mutation | |
neuroectodermaltumor | t(11;22)(q24;q12) | EWSR1-FLI1 |
t(21;22)(q22;q12) | EWSR1-ERG | |
t(2;22)(q33;q12) | EWSR1-FEV | |
t(7;22)(p22;q12) | EWSR1-ETV1 | |
t(17;22)(q12;q12) | EWSR1-E1AF | |
inv(22)(q12q;12) | ||
t(16;21)(p11;q22) | FUS-ERG | EWSR1-ZSG |
確定應用
FISH檢測平臺除了可以幫助臨床進行診療,還可以幫助科室老師進行科研、文章方面的研究,從2014年至今,使用安必平探針客戶已累計在國內外各期刊發表文章超過70篇。


流程質控
FISH檢測一般需要兩個半天時間,雜交前的實驗操作部分約2-3小時,常規變性雜交需要過夜,約8-12小時,雜交后洗滌及閱片約2-3小時;若采用快雜方式,雜交時間可以縮短至1-2小時。

在實驗中,我們需要注意以下幾點:
■選擇合適的蠟塊進行檢測,如果有壞死、腫瘤區域偏少或細針穿刺(不夠計數)都會影響。
■合適的切片厚度,以腫瘤細胞平均大小直徑3-5um,可以避免信號丟失或細胞堆疊。
■選擇硅烷化處理的防脫載玻片可以避免掉片同時也避免雜質自發熒光。
1自配探針量少比例不易把握,建議使用即用型探針。
■自配輔助試劑注意濃度及PH值,如果不是大量配制,建議使用廠家提供即用型輔助試劑,可以減少濃度、PH值誤差。
■所有輔助試劑定期更換,一周或處理不超過20張樣本。
■按照SOP文件操作,不可隨意更改時間及溫度,避免加錯探針。
■把握最佳消化時間,對于乳腺癌樣本,如果使用胃蛋白酶 (4\mathsf{m g}/\mathsf{m l}) 消化,建議5-8min,其他樣本可以聯系當地技術支持協助摸索消化時間。
■采用20X20mm蓋玻片時滴加探針10ul最佳,可以完全覆蓋組織,避免產生氣泡,影響探針雜交。
流程質控
在閱片中,我們需要注意以下幾點:
1對照HE或者IHC樣本,確定腫瘤區域,選擇合適區域進行閱片。
■閱片需要用到油鏡,選擇適合觀察熒光信號的鏡油。
■熒光信號長時間照射會導致淬滅,因此,不適合長時間用激發光照射一個區域,建議同一區域觀察時間不超過15min,不觀察時隨手關閉光柵shut開關。
■閱片需要連續計數信號完整的腫瘤細胞。遇到腫瘤異質性樣本,需要慎重觀察。
■遇到判讀上有異議的樣本,建議換一個人進行閱片計數。平時實驗,我們一般采用組織內對照進行質控,即正常組織區域細胞核內雜上信號且信號模式正常。
對于已經開展的實驗室,可以定期參加PQCC、NCCL、NordiQC以及各個省質控中心牽頭發起的質控。


流程質控
關于判讀標準,目前有判讀共識的主要有乳腺癌HER2、胃癌HER2、肺癌ALK、肺癌ROS1、兒童神經母細胞瘤N-MYC。判讀時參考判讀標準即可。
對于其他沒有判讀共識的,可以參考探針說明書來明確陽性信號模式,同時聯系廠家確定判讀閾值或者自己建立閾值。

检测基因 | 检测类型 | 标记方式 | 异常形式 | 闻值or判读建议 | 闻值及判读参考文献 |
EGFR | 扩增 | ·GSPEGFR ·CSP7 | 数目增多 | a.≥40%的细胞出现≥4个 b.·/·≥2,同时,用于计数的核中·≥2 c.≥10%的细胞出现≥4个·簇 d.≥10%的细胞出现>15个· | 安必平说明书(CFDA) |
PD-L1 | 扩增 | ·GSPPD-L1 ·CSP9 | 数目增多 | ≥3.0 | GeneticBasisforPD-L1Expression inSquamousCellCarcinomas of theCervixand Vulva |
RET | 断裂 | ·GSPRET GSPRET | 红绿分离或 单绿 | ≥15%分离或 单·(间距>2个信号直径) | A retrospective analysis of RET translocation,gene copy numbergain and expressionin NSCLCpatients treated withvandetanibinfourrandomized Phase Ill studies.Plattetal.BMC Cancer |
相關術語
DNA&基因&染色體
DNA分子是由糖骨架和四種核苷酸分子(A、G、C、T)構成。
基因是較長的DNA片段,是遺傳的最基本單元,生物體的性狀以基因的形式由父母傳給下一代。
長鏈的DNA纏繞在組蛋白的骨架上,就構成了基因,染色體上包含很多基因之間還有長段DNA將其隔開。

染色體區帶
用來表示某一段染色體區域在染色體上的近似位置,如FGFR2基因探針會寫成10q26通常表示FGFR2位于10號染色體長臂2區6帶。

DAPI
即4,6-二胖基-2-聯苯基吲哚,是一種能夠與DNA強力結合的熒光染料,常用于熒光顯微鏡觀測。因為DAPI可以透過完整的細胞膜,它可以用于活細胞和固定細胞的染色(細胞核為藍色表現)。
單通
指的是單色通道濾塊,可分為綠色通道,紅色通道和青色通道,可分別在該通道中觀察到對應單一顏色的信號點。
雙通
指雙色通道濾塊,可在雙色通道下同時觀察紅綠信號點,常用于斷裂探針和融合探針判讀。
缩写 | 含义 |
p、q | p表示染色体短臂,q表示染色体长臂 |
inv(16)(p13q22)/t(16;16)(p13q22) | 16号染色体短臂1区3带与长臂2区2带发生转移 |
del | delete即缺失,常用于基因缺失检测探针,如del3q |
t(9; 22)(q34; q11.2) | 9号染色体长臂3区4带与22号染色体长臂1区1带2亚带发生转移 |
CSP 17 | 17号染色体着丝粒位点探针,也有用CEP表示 |
GSP HER2 | HER2基因位点探针,也有用LSI表示 |
+12 | 12号染色体数目增加一条 |
-5/5q- | 5号染色体缺失/5号染色体长臂缺失 |
nRnGnF | 信号模式,通常在重排探针中用于表示n红n绿n融合 |
SS18 | 即SYT,很多探针基因名称会有别名,如FOXO1即FKHR |